3000 Jahre bevor Christi (B.C.E.) findet man Spuren einer konstanten Ansiedlung auf dem Tyniec Hügel (Anhöhe).

1044 laut örtlicher Überlieferung - Kasimir der Erneuerer, Sohn und Thronfolger des Königs Mieszko II. und der Kölner Prinzessin Rixa stiftet die Abtei. Das Kloster unterstützt den Aufbau des Staates und der Kirche nach der Zeit heidnischer Übergriffe und den Einfällen der Tschechen (Böhmen). Der erste Tyniecer Abt - Aron - wird zum Krakauer Bischof. Er erhält den Titel des Erzbischofs, was auf seine Verantwortung für die Erneuerung kirchlicher Strukturen in ganz Polen hinweist.

In der 2. Hälfte des 11. Jhs. entsteht eine für die Abtei typische Anordnung steinerner Bauten. Die sich ursprünglich an der dreischiffigen romanischen Kirche orientierende Basilika hat die Ausmaße des heutigen Presbyterium mit Chores. Die Klosterbauten stehen um den Kreuzgang herum auf der Südseite der Kirche. Bis zum heutigen Tage erhalten sind: die Südwand der ursprünglichen Basilika mit dem romanischen Portal, das Fundament des Kreuzganges, der Klosterspeisesaal (das Refektorium) und Fragmente architektonischer Ornamentik.

Im 14. Jh. erlegt die Abtei schweren Zerstörungen, weil sich die Mönche für den polnischen Thronanwärter Wladislaus Ellenlang, aus der Piastendynastie, (den späteren König) in seinem Kampf um den Thron mit den Anhängern der böhmischen Přemysliden ausgesprochen haben. Das Kloster wird auch von Tatarenstreifzügen geplündert.

Im 15. Jh. wird das Kloster im Stile der Gotik ausgebaut. Die Kirche wird von der Westseite um drei Schiffe und ein Chor (Presbyterium; Altarraum) erweitert. Das Kloster breitet sich gen Süden und Westen des Hügels aus. Aus dieser Zeit des Umbaus blieben drei Flügel des Kreuzganges samt den Stützpfeilern erhalten. Die heutige Heilige Stätte behält den Grundriss einer gotischen Kirche und ein paar ihrer Elemente: Fenster mit Maßwerken in Presbyterium, ein Teil des Hauptportals und Stützpfeiler.

Das 16. Jh. - in Polen „das Goldene Jahrhundert" genannt, bringt ein weiteres Erblühen der Abtei mit sich. Die ehemalige Burg wird zum repräsentativen Sitz des Abtes (heute das Gästehaus). Die Reiche Ausstattung der Kirche dient der Entwicklung der Liturgie, des Schulwesens und der Vermehrung der Büchersammlung.

Das 17. Jh. bringt die so genannte Kommende mit sich (1604-1709), die dem König das Recht gibt, Äbte außerhalb des Konvents voranzustellen. Diese Kommende verstößt gegen die grundsätzliche Regel des Benediktinerlebens, nämlich: die Wahl des Abtes durch die Gemeinschaft und seine Amtsausübung als Pater. In der ersten Hälfte des 17. Jhs. nimmt die Kirche eine barocke Gestalt an. An der Stelle der Seitenschiffe entstehen sechs Kapellen (zwei mittlere: zur Ehre des Heiligen Benedikt und der Heiligen Scholastika). Aus dieser Zeit stammt ein Chorgestühl des Mönchschors, der mit Darstellungen des Lebens des heiligen Benedikt und der Geschichte der Benediktiner geschmückt ist. Die Kriege des 17. Jahrhunderts vernichten die Abtei und ihre Güter.

Mit dem Ende der Zeit der Kommende im 18. Jh. erlebt die Abtei ein erneutes Erblühen. In Tyniec werden Benediktiner der Polnischen Kongregation ausgebildet. Im Südflügel vergrößert sich die Bibliothek, die Kirche ist mit Rokokoelementen verziert. Francesco Placidi entwirft Altäre aus schwarzem Marmor, darunter das Hochaltar mit einem Gemälde der Dreifaltigkeit und mit Figuren der Kirchenpatrone der Abtei, den Heiligen Aposteln Peter und Paul. Im 18. Jh. verschwindet Polen von der Landkarte Europas - aufgeteilt zwischen Österreich, Preußen und Russland. Die Konföderation von Bar (1768-1772) versucht die Katastrophe zu verhindern. Die Abtei wird in eine Festung der Konföderierten umgewandelt und der Widerstand gegenüber den russischen Truppen ist stark. Die Kämpfe richten die Abtei zugrunde. Die Abtei wird während der Ersten Polnischen Teilung in das von den Österreichern besetzte Gebiet eingegliedert. Die Gemeinschaft, zusammen mit dem Abt Amand Janowski, baut die Abtei erneut auf und vergrößert den Bibliotheksbestand.

Im 19. Jh. erlegt die Abtei 1816 einer Kassation seitens der österreichischen Macht. Zwischen 1821-1826 befindet sich in Tyniec der Bischofssitz, der später nach Tarnów verlegt wird. Bischof Thomas Ziegler (ein deutscher Benediktiner) bewahrt Gefäße, liturgische Gewänder und einen Teil des Bibliotheksbestandes (das bis heute in Tarnów erhalten blieb) vor dem Konfiszieren. 1831 vernichtet ein Brand die Dächer der Abtei. Das Kloster wandelt sich erneut in eine Ruine um und die erhaltene Kirche wird von der Pfarrei übernommen. Der letzte Tyniecer Mönch stirbt 1844.

In den dreißiger Jahren des 20. Jhs. Wird die belgische Abtei des Heiligen Andreas (St. Andreas) zum Zentrum der Formierung polnischer Benediktinerberufungen. Der Kardinal Adam Sapieha übergibt den Hügel der damaligen Abtei für den Ort des neuen Stiftes. Am 29 Juli 1939 treffen elf Mönche in Tyniec ein. Ihr Superior ist Vater Karol van Oost. Das Unternehmen übersteht die Zeit der deutschen Besatzung und die Jahre des Kommunismus. Seit 1947 dauert der Aufbau des architektonischen Komplexes an. 1968 wird das Kloster wieder in den Rang einer Abtei erhoben.